Đến nửa cuối năm 1943, sau các chiến thắng tại Novorossiysk và Taman, quân đội Liên Xô đã hoàn toàn trục xuất quân Đức khỏi khu vực Kavkaz và tiến sát đến bờ biển phía Đông của bán đảo Krym. Quân Đức lui về cố thủ tại khu vực bán đảo Kerch, mỏm đất nằm tại phần phía Đông của Krym, cách bán đảo Taman một eo biển nhỏ: eo Kerch. Ngoài việc củng cố các công sự trên đất liền, quân đội Đức còn thả thủy lôi và bố trí nhiều bãi mìn dọc theo bờ biển nhằm ngăn chặn quân đội Liên Xô vượt biển đánh vào đây.[6]

Kế hoạch ban đầu nhằm giải phóng Krym của quân đội Liên Xô không đặt mục tiêu đổ bộ lên bán đảo Kerch. Ngày 22 tháng 9 năm 1943, Nguyên soái A.M.Vasilevsky đề nghị chuyển toàn bộ các đơn vị của Phương diện quân Bắc Kavkaz về eo đất Perekop để tập trung binh lực từ phía Bắc đột kích vào Krym từ hai hướng Perekop và Chongar. Bộ Tổng tham mưu Liên Xô nhận thấy kế hoạch này có ưu điểm là tập trung binh lực, tạo sức đột phá nhanh, mạnh và dứt điểm để mở cửa vào Krym, đồng thời không phải tổ chức một chiến dịch đệm nhằm đổ quân từ Taman sang Kerch mà theo tính toán của Bộ Tổng tham mưu Liên Xô, các chiến dịch đổ bộ đường biển thường gây tổn thất lớn về nhân mạng và vật chất. Tuy nhiên, điểm yếu của kế hoạch này là để cho hướng Kerch trở nên thụ động. Tập đoàn quân 17 (Đức) sẽ rút phần lớn lực lượng từ hướng bán đảo Kerch về để tăng thêm mật độ phòng ngự trên hướng Chongar - Dzhankoy. Việc di chuyển cả một Phương diện quân trên cự ly hơn 400 km vòng qua Rostov rất khó che giấu được trinh sát của quân Đức. Cân nhắc tất cả các khía cạnh thuận lợi và bất lợi, I. V. Stalin cho rằng vẫn cần mở thêm hướng phụ công ở Kerch để căng mỏng hỏa lực và binh lực của Tập đoàn quân 17 (Đức) ra hai hướng. Ngoài ra, chiến dịch đệm này còn buộc Tập đoàn quân 17 (Đức) phải để lại một phần binh lực ở Kerch, tạo điều kiện cho Phương diện quân Ukraina 4 thanh toán bàn đạp Nikopol của Tập đoàn quân 6 (Đức) và chia cắt Tập đoàn quân 17 (Đức) tại Krym. Thời gian mở chiến dịch có thể phải lùi lại nhưng bảo đảm chắc thắng hơn. Do đó, Đại bản doanh Liên Xô (STAVKA) quyết định mở chiến dịch đổ bộ Kerch-Eltigen như một chiến dịch đệm để chuẩn bị cho cuộc tổng công kích vào Krym sau khi hất được Tập đoàn quân 6 (Đức) sang bên kia sông Dniepr.[7]

Trong lịch sử Chiến tranh Xô-Đức, đây là cuộc đổ bộ lần thứ hai của quân đội Liên Xô lên bán đảo Kerch và là lần đổ bộ cuối cùng của cuộc chiến này tại đây. Rút kinh nghiệm cuộc đổ bộ trước đó vào đầu năm 1942, Hạm đội Biển Đen được lệnh chuẩn bị đầy đủ hơn các tàu vận tải, phà biển, xuồng đổ bộ cỡ lớn và điều động nhiều chiến hạm cùng không quân của hạm đội hỗ trợ tối đa cho cuộc đổ bộ.[2]